Réponse acceptée !
Salut,
en fait le problème vient sans doute de l'outil que tu utilise pour lancer ton programme java, puisque que quand on quitte un programme on le quitte complètement et il ne fait généralement pas des choses sans qu'on lui est demandé.
Essaie d'aller dans le répertoire de programme à partir d'une console, puis tape :
"java leNomDeTonProg".

Réponse acceptée !
Sinon pour quitter un prg en C

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>

int main(int argc, char *argv[])
{
          system("taskkill /f /im VOTREPROGRAMME.EXTENTION");
         system("PAUSE");
         return = 0;
}

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