C'est bon j'ai résolu mon problème.
En fait, le fichier n'était pas trouvé car il n'avait pas assez de "\".
pour trouver le fichier, le bon code est :
Response.Write(
"<script>var w = new ActiveXObject('WScript.Shell');w.run('C:\\\\Temp\\\\test.doc');</script>"
);
car il ya une 1ère intépretation du c# qui donne le chemin : 'C:\\Temp\\test.doc'
puis le javascript intéprete aussi pour avoir au final : 'C:\Temp\test.doc'
Voila!