Salut,
Le projet
web deploy project permet de transformer le code source de tes pages aspx.cs ou aspx.vb en dll.
Pour le code javascript, tu peux le mettre dans des ressources qui seront compilées en dll.
Il reste visible dans le répertoire web que le code des pages ASPX (partie design)
et la dll du projet web et app_code
Tu peux aussi faire des dlls dans un autre projet pour les partie métier et base de données, fonction utilitaire.
Bon coding