AJAX et Service Web

Petite question autour d'un Service Web avec ASP.NET AJAX.

Je souhaite appeler un Service Web à partir d'un script client dans une page Web ASP.NET AJAX.
Je pensais savoir comment faire... mais voilà, si ca marche très bien à partir d'un projet de type WebSite,
à partir d'un projet de type WebApplication rien ne va plus; Mon script client ne trouve aucune référence au Service Web !!!

Mes 2 projets de test (WebApplication et WebSite) contiennent chacun mon Service Web ASMX (le même; copier/coller du code) ainsi qu'une page ASPX avec le même script client (la même; copier/coller du code) et enfin le même Web.Config (le même...). La seule chose qui change, c'est le type de projet.
Je travaille avec mon IDE préféré, VS 2008 sur Framework 3.5.

Et ma question est la suivant :
Mais pourquoi donc cela fonction très très bien avec un projet de type WebSite
et que ca merde à plein tube avec un projet de type WebApplication ???
Y a-t-il une référence spécifique à ajouter quand on est dans un contexte WebApplication ?

Merci pour vos lumières.