Après beaucoup d'essais et de recherche, j'ai enfin trouvé comment utiliser une base de données de type SQL Server Compact Edition avec ASP.NET.
Il faut configurer une propriété du CurrentDomain dans votre code, il suffit de l'ajouter simplement :
AppDomain.CurrentDomain.SetData("SQLServerCompactEditionUnderWebHosting", True)
Le fichier zip contient un exemple d'utilisation d'une base de données "SQL Server Compact Edition"